Każda apteka czy punkt apteczny (który sprowadza się do tak zwanej „małej apteki”, funkcjonującej często na terenach wiejskich, gdzie brak jest właściwej apteki) ma właściwy sobie system zarządzania apteką.
Pojęcie to jest przez właścicieli aptek różnie rozumiane.
Niektórzy w terminie tym widzą sam system informatyczny, który umożliwia sprawne funkcjonowanie ich firmy. Niemal wszystko bowiem obecnie dokonuje się przez komputer, odpowiednie oprogramowanie i internet. Gdy pacjent-klient przychodzi do apteki, pyta o dany lek czy suplement, aptekarz wpisuje jego nazwę do systemu, sprawdza, czy produkt ten ma „na stanie”. czyli w aptece na miejscu. Jeśli nie, to sprawdza, czy może go sprowadzić, z jakiej hurtowni, która z współpracujących z apteką hurtowni posiada ten produkt lub może go sprowadzić bezpośrednio od producenta. Aptekarz sprawdza także inne informacje w systemie – które inne apteki mogą mieć ten lek (kto ma lek), cenę produktu, inne informacje dotyczące tego produktu ( rsa24.pl )
Inni właściciele aptek pojęcie przywołane wcześniej interpretują jako całość działań zarządczych związanych z ich przedsiębiorstwem. A więc nie tylko system informatyczny, ale zarządzanie dostawami, a przede wszystkim zarządzanie personelem. Odpowiednio dobrany i wyszkolony personel powinien odpowiadać na wyzwania społeczne w stosunku do apteki. Zatem każdy pracownik powinien budzić zaufanie pacjentów-klientów swoją wiedzą merytoryczną, swoimi kompetencjami miękkimi, takimi jak uprzejmość, wysoka kultura osobista, powaga, ale i sympatia w stosunku do problemów pacjenta-klienta.